Другий розквіт при перших Романових
Після епідемії чуми і кількох нападів у Смутний час місто пережило новий розквіт при Романових. У Вологді були поширені близько п’ятдесяти професій, існувала зовнішня і внутрішня торгівля, кам’яне будівництво, розвивалися ремесла. У Фрязиновой слободі селилися іноземці. Але і неприємності залишилися позаду: у 1661-1662 роках через неврожай хліба сильно піднялися ціни і почався голод, черговий неврожай стався через вісім років, в 1680-му — сильна пожежа, в 1686 р. ураган зніс дахи і пошкодив кілька церков, у 1689 році місто постраждало від повені, у 1689-му — черговий пожежа.
Провінційна Вологда за Петра I
При Петрі I Вологда стала крупною військовою базою, де зберігалося технічне і військове спорядження для споруджуваних кораблів і фортець. Місто міг стати навчальний центром створювалося російського флоту, але Кубенское озеро виявилося невідповідним. У 1708 році населений пункт перестав бути значимим адміністративним центром. Тоді Вологда була зарахована до Архангельської губернії. Економіка була остаточно підірвана, коли Петро і обмежив торгівлю через Архангельськ.
