Період завоювань
Наступні кілька століть територія сучасного Таджикистану переходила з однієї держави до іншого, його постійно завойовували. Все це не дало утвердитися Таджикистану на карті світу, стати самостійною країною. А в 13 столітті почалося додатково вторгнення військ полководця Чингісхана. Незважаючи на те, що проти нього чинився сильний опір, завойовник зміг підпорядкувати собі Середню Азію, однак це супроводжувалося кров’ю, а також руйнуваннями. Країна стала перебувати після цього в складі Чагатайского улусу великої монгольської імперії.
Для таджицького народу в період завоювань сталося важлива подія. В їх етнічну групу почали проникати тюрки і монголи, що призвело до того, що в рівнинних народи почала відбуватися тюркізаціі, яка меншою мірою проникла в гірські племена і міста.
Період ханств
Після смерті Чингісхана територію Таджикистану знову почали перекидати, але тільки між ханствами. У 14 столітті він увійшов до складу держави Тімура, а пізніше і його спадкоємців. В цей період відбулося розвиток науки і мистецтва, зокрема астрономії та літератури. Проте вже через два століття вони перейшли під заступництво узбецьких ханів, які постійно утворювали нові ханства. В основному таджиків поділили між собою Бухарське і Кокандське ханства. Але це зовсім не означає, що народ почав жити спокійно – сама політична ситуація постійно знаходилася на воєнному стані. Зовнішні та внутрішні війни за владу призвели до занепаду землеробства, експлуатації людей і руйнувань. У цей період феодальна залежність просто процвітала – з-за величезних податків народ ходив в постійних боргах перед своїм феодалом, а тому повинен був виконувати примусові роботи. Культура, мистецтво, художнє таджицьке слово і мова – все перебувало в небувалому занепаді.
