У Богемії та Моравії
Після окупації Чехословаччини в 1939 році регіони Моравія і Богемія перейшли під німецьке управління. Там з’явився пост імперського протектора. Спочатку їм був Костянтин фон Нейрат, який займав раніше був міністром закордонних справ. Незабаром він був усунений із-за недостатньої жорсткості і постійного протистояння органів влади з партійними структурами і спецслужбами в цих областях. Саме агенти Гейдріха підготували для Гітлера доповідь з критикою роботи Нейрата.
У вересні 41-го фюрер вирішує призначити заступником протектора Гейдріха. Нейрат не погоджується з таким рішення і йде у відставку. Рейнхардт отримує всю владу в регіоні. Зберігши за собою колишню посаду, він фактично стає імперським протектором. Незабаром він перебуває у свою резиденцію в Градчанах, сюди ж перевозить свою сім’ю. Він влаштовується в Нижньому палаці в 15 кілометрах від Праши, який був конфіскований у єврейського сахаропромышленника Фердинанда Бліх-Бауера. Всього було четверо дітей у Рейнхарда Гейдріха. Це були сини Хайдер і Клаус, дочки Зилька Березня, до того моменту ще не народжена.
Вже через тиждень після свого призначення він організував повалення чеського прем’єр-міністра Алоїса Еліаша, як тільки його запідозрили у зв’язках з Опором. Судовий розгляд було стрімким, вже через чотири години чеському політику був ухвалений смертний вирок.
Також одним із перших своїх указів в Богемії і Моравії Гейдріх наказав закрити всі синагоги на території протекторату, а вже в листопаді 41-го був створений концтабір Терезиенштадт, який призначався для чеських євреїв, які чекали своєї відправки в табори смерті.
Паралельно він проводив реформи, щоб заспокоїти місцеве населення. Зокрема, перевернув з ніг на голову систему соціального забезпечення, збільшив норми харчування для робітників і зарплати.
