Установа губерній
Роль Сибірського наказу поступово почала сходити нанівець на початку XVIII століття. У 1706 році ним став керувати князь Матвій Петрович Гагарін. Паралельно він був призначений губернатором Сибіру, залишаючись при цьому керувати наказом.
Після проведення Петром I першої обласної реформи, яка відбулася в 1708 році, наказ перетворили в Московську канцелярію Сибірської губернії. В результаті у 1710 році наказ фактично перестав існувати, перетворившись в Московську канцелярію Сибірської губернії. До того ж це вже було не центральне урядова установа. Функції, які раніше виконував наказ, перейшли до сибірському губернатору і місцевої канцелярії, які базувалися в Тобольську.
Залежно від Сенату
У 1708 році князь Гагарін отримав призначення генеральним президентом і московському губернатором. Після цього всі рішення, що відносилися до Сибірському наказом, підписувалися Данилом Нікітіним.
У 1718 році Гагарін був відправлений у відставку, а наказ став підвідомчим державним колегіям, опинившись в безпосередній залежності від Сенату.
Проте незабаром з’явилася необхідність його відновити. Відновленням Сибірського наказу турбувалися після того, як намітилося значне зниження доходів, що надходили до царської казни. Тому в 1730 році було нарешті прийнято рішення знову його заснувати. На цей раз в його функції були додатково включені питання дипломатичних відносин із країнами, що межують з Сибіром, а також безпосереднє керівництво різними мануфактурными підприємствами, в першу чергу металлодобывающими. Також наказ став керувати ямській службою, а з 1748 року – військовими командами. В повному обсязі за ним залишалося ведення фінансовими, адміністративними, митними та торговельними питаннями.
