Участь у Семирічній війні
Довго насолоджуватися радощами сімейного життя йому не судилося. Вже через тиждень Омеляна відправили на Семирічну війну. Він воював в дивізії графа Чернишова. Був ординарців у полковника Іллі Денисова. Брав участь у ряді битв на території Пруссії, уникнувши поранень.
У 1763 році Пугачов повернувся на батьківщину. У нього народилося двоє дітей – Трохим і Горпина. В цей період він також побував у Польщі з командою осавула Яковлева, розшукуючи втекли старообрядців.
Хвороба
З початком російсько-турецької війни 1769 року був прикомандирований до команди полковника Кутейникова в чині хорунжого. Відзначився при взятті Бендер. У 1771 році захворів, тому був відправлений назад. Через місяць лікування Пугачов відправився в Черкеськ просити про відставку.
Однак йому було відмовлено, натомість офіцер, розглядав прохання, порадив лікуватися в лазареті. Проте козак відмовився. Далі згадується, що він кілька днів прикладав до ніг бараняче легке, після чого йому стало легше.
Омелян поїхав в гості до сестри Феодосії. Від її чоловіка він дізнався, що той з товаришами подумує про втечу, будучи незадоволений становищем солдатів. Пугачов не тільки вирішив допомогти зятю, але і сам відправитися з ним у бігу. Діставшись до станиці Зимовейської, він оголосив про свій намір дружини і матері, які відмовили його від втечі. Він послухався, допоміг зятеві з товаришами переправитися через Дон, після чого повернувся додому, де лікувався ще близько місяця.
Втікачі, які прямували на Терек, самостійно дістатися до місця призначення не смоли. Проблукавши кілька тижнів, вони повернулися назад. Здавшись владі, вони розповіли, що допоміг організувати втечу саме Пугачов, від нього виходила ідея відправитися на Терек. Козака уклали під варту. Через два дні він біг, вирішивши все-таки реалізувати початковий задум. Так він оселився в станиці Ищерской, заявивши, що хоче бути козаком у сімейному війську.
Однак в результаті він був викритий та затриманий. Правда, і в цьому випадку йому вдалося втекти.
