Тектонічні плити
Яванська западина знаходиться на стику двох літосферних плит: Індо-Австралійської і Євразійської. Їх також називають Зондскими. Плити відносяться до так званому Тихоокеанському вогненному кільці, де зосереджена основна маса вулканів. Цей регіон вважається сейсмічно активною зоною. В Зондському жолобі одна літосферна плита подныривает під іншу, таким чином створюючи зону субдукції.
Дно жолоба
Зі східного боку острова Ява розкинувся Зондський жолоб. Його дно в південній зоні складається з численних западин, які розділені між собою окремими порогами. Стіни жолоби мають круті схили. Дуже сильно роздроблений каньйон, який ускладнений численними ступенями і уступами.
Північна частина і центр западини мають рівне дно, яке покрите товстим шаром терригенного мулу і домішками вулканічних порід.