Гібридизація ДНК: поняття, визначення, етапи розвитку та застосування

Значення для біології

ДНК-ДНК-гібридизація є золотим стандартом для розрізнення бактеріальних видів з величиною схожості понад 70%, що вказує на те, що порівнювані штами належать до різних видів. У 2014 році був запропонований поріг 79% подібності для поділу бактеріального підвиди.

Критики стверджують, що техніка неточна для порівняння близьких видів, так як будь-яка спроба виміряти відмінності між ортологическими послідовностями між організмами перевантажена гібридизацією паралоговых аналогів в геномі організму. Секвенування ДНК і обчислювальні порівняння послідовностей в даний час зазвичай є методом визначення генетичного відстані, хоча цей підхід все ще використовується в мікробіології, щоб допомогти ідентифікувати бактерії.

Сучасний спосіб полягає у проведенні гібридизації ДНК-ДНК в силіконі з використанням повністю або частково секвенированных геномів. GGDC, розроблений в DSMZ, є найбільш точним відомим інструментом для обчислення DDH-аналогічних значень. Серед інших алгоритмічних поліпшень він вирішує проблему з паралогическими послідовностями, ретельно фільтруючи їх з збігів між двома послідовностями геному.

Дивіться також:  Що таке сейсмограф, опис і принцип дії