Послідовність флуоресцентної гібридизації
РНК-зонди можуть бути сконструйовані для будь-якого гена або будь-якій послідовності всередині гена для візуалізації мРНК lncRNA і miRNA в тканинах і клітинах. FISH використовується шляхом вивчення клітинного циклу розмноження, зокрема інтерфази ядер для будь-яких хромосомних аномалій. FISH дозволяє аналізувати велику серію архівних випадків, набагато легше ідентифікувати виявлену хромосому, створюючи зонд з штучним хромосомним підставою, який буде залучати подібні хромосоми.
Сигнали гібридизації для кожного зонда, коли виявляється аномалія ядра: кожен зонд для виявлення мРНК і lncRNA складається з 20 пар олігонуклеотидів, кожна пара покриває простір 40-50 б. п. Для виявлення мРНК зонди використовують запатентовану хімію.
Гібридизація з ДНК-зондами
Зонди часто отримують з фрагментів ДНК, які були виділені, очищені і амплифицированы для використання в проектуванні геному людини. Розмір людського геному настільки великий у порівнянні з довжиною, яка може бути секвенирована напряму, що необхідно розділити його на фрагменти. В кінцевому рахунку ці фрагменти наводилися шляхом перетравлення копії кожного фрагмента в ще більш дрібні елементи з використанням ендонуклеаза, специфічних для послідовностей, для вимірювання розміру кожного невеликого фрагмента з використанням ексклюзивної хроматографії з використанням цієї інформації для визначення, де великі частини перекривалися один з одним.
Щоб зберегти елементи з їх індивідуальними послідовностями ДНК, фрагменти були додані в систему постійно повторюваних популяцій бактерій. Клональні популяції бактерій, кожна популяція, яка підтримує єдину штучну хромосому, зберігаються в різних лабораторіях по всьому світу. Штучні хромосоми (BAC) можна вирощувати, витягувати і додавати в будь-якій лабораторії, містить бібліотеку. Геномні бібліотеки часто називаються на честь установ, в яких вони були розроблені. Прикладом може служити бібліотека RPCI-11, названа в честь Інституту раку Розвела в Баффало (Нью-Йорк, США). Ці фрагменти складають близько 100 тисяч базових пар і є основою більшості зондів FISH.
