Органи виділення
Видільна система бесчерепных представлені нефридиями – короткими вигнутими трубками, що відкриваються отворами в атриальную порожнину. Ці утворення розташовані над глоткою в кількості близько 100 пар.
Трубки органів виділення практично повністю знаходиться в целоме (ця порожнина у бесчерепных остаточно збереглася у вигляді декількох порожнин), куди через клубочки капілярів фільтруються продукти розпаду, які потім виводяться нефридиями в порожнину атріуму і разом з водою видаляються з організму.
Статева система
Всі представники підтипу Бесчерепные є роздільностатевими тваринами. Розвиток насінників або яєчників відбувається на стінці тіла, яка примикає до атриальной порожнини. З-за відсутності в статевій системі бесчерепных вивідних проток, продукти статевих залоз залишають організм через розриви в стінках останніх, звідки клітини потрапляють в атриальную порожнину і разом з потоком рідини виходять назовні.