Громадянська війна
До лав Червоної Армії Іван Миколайович вступив добровольцем у червні 1918 року. Він додав один рік до свого віку, щоб його прийняли. Бойові товариші відзначали виявлені ним у бою хоробрість і мужність. За час Громадянської війни він отримав п’ять поранень, але армію не покинув.
Для Музиченко 1918 рік був відзначений участю в бойових діях проти українських повстанців під проводом Нестора Махна. У 1918 – 1920 роках воював проти естонських формувань; у 1920 році брав участь у бойових діях на Західному фронті; в 1921 році брав участь в придушення Тамбовського повстання.
З 1921 по 1926 рік Музиченко служив комісаром кавалерійського полку.
За військові успіхи і виявлену в боях мужність Іван Миколайович був удостоєний рідкісної в ті роки нагороди – ордена Червоного прапора.
Зимова війна 1939 року
У 1927 році Іван Миколайович пройшов навчання на курсах удосконалення командного складу. У 1932-1937 обіймав посаду командувача 21-го кавалерійського доносячи закла-Ставропольського полку, потім прийняв командування 4-ї кавалерійської дивізією. 17 лютого 1938 року став комбригом. На посаді командира бригади 4-ї стрілецької дивізії брав участь у Зимовій війні (конфлікт між СРСР і Фінляндією). З 21 березня 1940 року став командиром дивізії.
За бойове відміну при прориві лінії Маннергейма Іван Музиченко був нагороджений орденом Леніна і удостоєний високого звання генерал-лейтенанта. Слід зазначити, що Іван Миколайович був на хорошому рахунку у командування, тому він швидко просувався по службі і користувався авторитетом серед своїх бойових товаришів. У липні 1940 року за високі військові заслуги він був призначений командувачем шостою армією.
