За радянської влади
Будучи вихідцем з робочої сім’ї, що було рідкістю для Імператорського флоту Іван Степанович активно підтримував радянську владу під час Громадянської війни. Вже через дев’ять днів після Моонзундського битви «Ізяслав» піднімає червоний прапор і переходить на бік більшовиків. Майбутній адмірал Ісаков брав участь у знаменитому «Льодовому поході Червоної Армії. У важких зимових умовах, коли крига ще не почав танути, частини колишнього Балтійського флоту прорвалися в Гельсінгфорс і вивели звідти понад двохсот кораблів в Кронштадт.
Навчання і високі чини
Після перемоги більшовиків у Громадянській війні Іван Степанович продовжує навчання і службу на флоті Радянського Союзу. Закінчив Військово-морську академію в Москві, де залишається викладати. У другій половині тридцятих років командує різними кораблями в складі Балтійської та Чорноморської флотилій.
Вивчає інженерна та військову справу, пише наукові статті. До тридцять дев’ятому році отримує посаду начальника Військової академії та Головного управління штабом флоту.
