Зміна суверена
В результаті численних перемог турки змогли створити на частини угорської території залежне від Османської імперії королівство. На трон був посаджений турецький ставленик Янош Запольяи. Після відмови Фердинанда платити викуп, Баторій запропонував Яношу свої послуги. Той, що потребував знатних і сильних прихильників, погодився.
Але військове ремесло Баторію на деякий час довелося залишити. Він отримав посаду посла Запольяи. Одна з його дипломатичних місій була спрямована до Відня, і там він потрапив прямо в руки Фердинанда. Оскільки стратити посла було не можна, імператор посадив його під домашній арешт, в якому Баторій провів два роки. За цей час він удосконалив знання, отримані в університеті: багато читав, особливо праці античних істориків.
Вокняжіння в Трансільванії
Імператору все ж довелося звільнити свого бранця. Після повернення в Трансільванію Баторій виявив, що місцева знать ставиться до нього із симпатією. Він не став втрачати часу даром і встановив тісні стосунки з багатьма впливовими людьми. Це сильно допомогло кілька років потому.
У Яноша Запольяи не було дітей, тому дуже гостро стояло питання про престолонаслідування. Князь негативно ставився до зростаючої популярності Баторія і навіть підозрював його в зраді. Після довгих роздумів він вирішив призначити своїм наступником скарбника Каспара Бекеша. Але після смерті князя в 1571 році знати одностайно зажадала від Бекеша відмовитися від своїх прав. Князем був обраний Стефан Баторій. Скарбник намагався чинити опір і навіть організувала кілька повстань, але в 1575 році Баторій остаточно розбив його війська і конфіскував всі володіння.
