Академічна кар’єра
У тому ж році Фішер став асистентом у Страсбурзькому університеті, де відкрив першу основу гідразину (фенилгидразин) і продемонстрував її зв’язок з гидразобензолом і сульфоновой кислотою, описаної Штреккером і Ремером. Відкриття фенилгидразина, яке, як вважають, було випадковим, стало основою більшої частини більш пізніх робіт Еміля Фішера.
У 1875 році фон Байєру запропонували зайняти місце Лібіга в Мюнхенському університеті, і його підопічний пішов за ним, щоб стати його асистентом.
У 1878 р. Еміль Фішер отримав статус приватдоцента в Мюнхені і в 1879 році став доцентом кафедри аналітичної хімії. У тому ж році йому запропонували місце в Екс-ла-Шапеле, але потім відмовили. У 1881 р. Фішер зайняв посаду викладача хімії в Університеті Ерланген, а в 1883-му йому запропонували керувати лабораторією на баденської анілінової-содової фабриці BASF. Еміль, однак, завдяки батькові став фінансово незалежним і волів академічну кар’єру.
У 1888 р. відкрилася вакансія викладача хімії університетом вюрцбурга університеті, і він обіймав її до 1892 року, коли його попросили замінити А. В. Хофмана на кафедрі Берлінського університету. Тут він залишався до своєї смерті в 1919 році.
Під час Першої світової війни німецький учений проводив активну роботу по організації хімічних ресурсів Німеччини і очолював комісії по виробництву хімічних речовин і продовольчого постачання. У мирний час допомагав реорганізувати викладання хімії та засновувати дослідні центри.
Роботи Фішера в першу чергу стосуються складу і синтезу сполук, присутніх в організмі людини. Своїми дослідженнями цукрів, ферментів, пуринів і білків він заклав основи біохімії.
