Тривіальна номенклатура
Тривіальна номенклатура ферментів з’явилася на самому початку розвитку ензимології. У той час назви ензимам давали першовідкривачі. Тому ця номенклатура інакше називається історичною.
В основі тривіальних назв лежать довільні ознаки, пов’язані з особливістю дії ферменту, але в них не міститься відомостей про субстраті та типи хімічних реакцій. Такі назви значно коротше робітників і систематичних.
Тривіальні назви зазвичай відображають якусь особливість дії ферменту. Наприклад, назва ензиму “лізоцим” відображає здатність даного білка лізувати бактеріальні клітини.
Класичними прикладами тривіальної номенклатури є пепсин, трипсин, ренін, хемотрипсин, тромбін та інші.
Раціональна номенклатура
Раціональна номенклатура ферментів стала першим кроком до розробки єдиного принципу формування назв ензимів. Вона була розроблена в 1898 році Е. Дюкло і базувалася на комбінуванні назви субстрату з суфіксом “аза”.
Так, фермент, що каталізує гідроліз сечовини, іменувався уреазой, що розщеплює жири — ліпазою і т. д.
Назви холоферментов (молекулярних комплексів білкової частини складних ензимів з кофактором) будувалися на підставі природи коферменту.