Номенклатура ферментів: опис, класифікація, будова і принципи побудови

Робоча номенклатура

Отримала таку назву за зручність в повсякденному використанні, так як містить основну інформацію про механізм дії ензиму при збереженні відносної стислості найменувань.

Робоча номенклатура ферментів заснована на поєднанні хімічної природи субстрату з типом каталізуються реакції (ДНК-лигаза, лактатдегідрогеназа, фосфоглюкомутаза, аденилатциклаза, РНК-полімераза).

Іноді в якості робочих назв використовують раціональні найменування (уреаза, нуклеаза) або скорочені систематичні. Наприклад, складне складений назву “пептидил-пролив-цис-транс-изомераза” замінюється на спрощене “пептидилпролилизомераза” з більш коротким і злитим написанням.

Систематична номенклатура ферментів

Так само як і робоча, заснована на характеристиці субстрату і хімічної реакції, проте дані параметри розкриваються набагато точніше і детальніше, із зазначенням таких речей, як:

• речовина, яка виступає в якості субстрату;
• природа донора і акцептора;
• назва підкласу ферменту;
• опис суті хімічної реакції.

Останній пункт передбачає уточнюючу інформацію (природа переносимої групи, тип ізомеризації і т. д.).

Не для всіх ензимів вказується повний набір перерахованих вище характеристик. Кожному класу ферментів відповідає своя формула складання систематичних назв.

Опис номенклатури ферментів на прикладі різних класів

Група ферменту	Форма конструювання найменувань	Приклад
Оксидоредуктазы	Донор: акцептор-оксидоредуктаза	Дактат: НАД+ -оксидоредуктаза
Трансферази	Донор: акцептор-транспортується група-трансфераза	Ацетил КоА: холін-О-ацетил-трансфераза
Гідролази	Субстрат-гідролаза	Ацетилхолін-ацил-гідролаза
Ліази	Субстрат-ліаз	L-малат-гидролиаза
Изомеразы	Складається з урахуванням типу реакції. Наприклад: При перетворенні з цис-форми в транс-форму — “субстрат-цис-транс-изомераза”. При преращении альдегідної форми в кетонную — “субстрат-альдегід-кетон-изомераза”. Якщо в ході реакції здійснюється внутрішньомолекулярний перенос хімічної групи, фермент називають мутазой. Іншими можливими закінченнями найменувань можуть бути “естераза” і “эпимераза” (в залежності від підкласу ферменту)	Трансретиналь–11 цис-транс-изомераза; D-глицеральдегид-3-фосфокетон-изомераза
Лігази	А: В лигаза (А і В — субстрати)	L-глутамат: аміак лигаза

Іноді в систематичному назві ферменту міститься уточнююча інформація, яку укладають у дужки. Наприклад, энзиму, катализирующему окислювально-відновну реакцію L-малат + НАД+ = піруват + СО2 + НАДН, відповідає найменування L-малат: НАД+-оксидоредуктаза (декарбоксилирующая).