Методи протеоміки
Одним з найбільш ранніх методів аналізу білка була деградація Эдмана (введена в 1967 році), де один пептид піддається кількох стадій хімічного розкладання, щоб визначити її послідовність. Ці методи в основному були витіснені технологіями, які забезпечують більш високу пропускну здатність. Від методів залежать і різні напрямки протеоміки.
Основні методи розділення
Для аналізу складних біологічних зразків потрібно зниження їх складності. Це можна виконати за допомогою одновимірного чи двовимірного розподілу. Зовсім недавно були розроблені онлайн методи, в яких індивідуальні пептиди були розділені з використанням хроматографії з оберненою фазою, а потім безпосередньо іонізовані з використанням методу ESI.
Гібридні технології
Існує кілька гібридних технологій, які використовують очищення окремих аналітів на основі антитіл, а потім проводять мас-спектрометричний аналіз для їх ідентифікації і кількісної оцінки. Прикладами цих методів є метод MSIA (мас-спектрометричний иммуноанализ), розроблений Рэндалом Нельсоном в 1995 році, і метод SISCAPA (стабільний ізотопний стандартний захоплення з антипептидными антитілами), введений Чи Андерсоном в 2004 році.
Порівняльний протеомический аналіз може виявити роль білків у складних біологічних системах, включаючи розмноження. Наприклад, лікування інсектицидом триазофосом призводить до збільшення вмісту коричневих саджанців (Nolaparvata lugens (Stål)) – чоловічих допоміжних залізних білків (Acps), які можуть бути передані самкам допомогою спарювання, що призводить до збільшення народжуваності (тобто плодючості) жінок. Щоб виявити зміни в типах білків допоміжних залоз (Acps) і репродуктивних білків, отриманих від самців коників, дослідники провели порівняльний протеомический аналіз сплячих самців виду N. lugens. Результати показали, що ці білки беруть участь у репродуктивному процесі дорослих самок і самців коників N. lugens.
