Фосфорилювання
Однією з таких модифікацій є фосфорилювання, яке відбувається з багатьма ферментами і структурними білками в процесі клітинної передачі сигналів. Додавання фосфату до певних амінокислот, найчастіше серинам і треонину, опосредуемым серин / треонинаминазами або рідше тирозином, опосередкованим тирозинкиназами, змушує молекулу білка стати мішенню для зв’язування або взаємодії з різним набором інших молекул, які розпізнають фосфорильований домен.
Оскільки фосфорилювання білка є однією з найбільш вивчених його модифікацій, багато «протеомические» зусилля спрямовані на визначення набору фосфорильованих білків в конкретній клітці або тканинному типі при певних обставинах.
Убиквитинирование
Убіквітин являє собою невеликий білок, який може бути прикріплений до певних субстратів ферментами, по-науковому званими E3 ubiquitin-ligases. Визначення того, які білки є полі-убиквитинированными, допомагає зрозуміти, як регулюється рух молекул цієї речовини. Аналогічним чином, як тільки дослідник визначає, які субстрати убиквитированы кожної лигазой, корисно визначити набір лигаз, виражених в конкретному типі клітин.
