Відтворюваність
Одним з основних факторів, що впливають на відтворюваність експериментів в протеомике, є одночасне элюирование багатьох інших пептидів, які можуть бути виміряні мас-спектрометрами. Це призводить до стохастичним відмінностей між експериментами з-за залежного від даних прийомів триптических пептидів. Хоча ранні великомасштабні аналізи протеому дріжджів показали значну мінливість в результатах між різними лабораторіями, мабуть, частково із-за технічних і експериментальних відмінностей між ними, відтворюваність була поліпшена в більш пізньому мас-спектрометрическом аналізі, особливо при використанні мас-спектрометрів.
Методи дослідження
У протеомике існує безліч методів вивчення білків. Як правило, вони можуть бути виявлені з використанням антитіл (імунологічних аналізів) або за допомогою мас-спектрометрії. Якщо аналізується складний біологічний зразок, необхідно або використовувати дуже специфічне антитіло в кількісному метоп-блот-аналізу (qdb), або біохімічне поділ.
